为什么要修建这座庙?为什么又要修建在额尔敦敖包之山下呢?
乾隆七年(1742)，一位西藏传教喇嘛巴拉吉尔隆德布，在草原辗转传教来到锡林郭勒草原贝子旗的牧民太吉家。女主人正要给蒙古包内的佛像上香，忽见喇嘛登门，忙不迭地一手提桶鲜牛奶，一手举着刚点燃的佛香，急忙出蒙古包门去迎客。巴拉吉尔隆德布喇嘛见状认为这是一个吉兆，便决意在此地住下来。他得到贝子(旗主官爵，低于王、贝勒，高于国公)巴拉吉尔道尔吉的资助、支持后，便在额尔敦敖包前建造了一座木质小庙，开始传播喇嘛教。渐渐地，他得到了人们的尊敬和崇拜，开始小有名气，被当地牧民称为“班地”(藏语，聪明喇嘛)。
乾隆八年(1743)，贝子庙开始正式修建。先盖正房五间为拉卜愣殿，作为佛堂兼宿舍，接着又兴建正殿朝克沁大殿。
另有一种说法是：雍正年间(1723—1735)，一位叫巴拉吉尔隆德布的活佛，从遥远的青海出发，一路诵经布道，历经千辛万苦，来到了锡林河畔，受到了贝子巴拉吉尔道尔吉的礼遇、推崇。当时，草原上十分盛行喇嘛教。牧人们听说从几千里之外来了一位活佛，便纷纷骑马乘勒勒车从四面八方赶来。一时间，在锡林河畔，云集了成百上千虔诚的牧人。为了表示对活沸的敬意，巴拉吉尔道尔吉给活佛建造了一座小庙。从此以后，前来听经的牧人与日俱增，许多人还要求出家当喇嘛，这使原有的小庙显得拥挤不堪。乾隆八年(1743)，巴拉吉尔道尔吉经过两年的筹备，开始大兴土木，建造规模宏大的庙宇。
当时，这一带异常闭塞，建庙所用的砖、木、石乃至佛像、经卷等全部要从多伦诺尔、张家口、北京甚至青海、西藏等地运来，交通工具又非常原始，艰难程度可以想象。
这座庙宇建成后，草原上的人们都称之为“贝子庙”，这不仅是因为此庙建在贝子旗，更重要的是它是由贝子巴拉吉尔道尔吉主持建造的。后来乾隆皇帝为贝子庙钦赐汉名“崇善寺”。
贝子庙雕梁画栋，重楼复阁，汇集了许多人的智慧。那飞檐斗拱的建筑，千姿百态的佛像，富丽堂皇的绘画装饰，均具鲜明的民族特色。贝子庙曾有一百多年的兴盛时期，喇嘛最多时达1200人，曾被列为内蒙古四大庙宇之一。同时，它也是内蒙古地区藏传佛教建筑形制中汉式形制的典型代表。当时，庙里的上层喇嘛与西藏拉萨和山西五台山等地的宗教上层保持着密切的联系，常常跋山涉水徒步到拉萨等地朝拜、取经。后来，随着清王朝的覆灭，贝子庙才开始逐渐衰败。
1947年内蒙古自治区成立后，贝子庙一带成了锡林郭勒盟政治、经济、文化的中心，周围的建筑不断扩大。数十年后，形成了现在的锡林浩特市，贝子庙也因锡林浩特的繁荣而兴盛起来。
